Laxeldi í opnum sjókvíum hefur veruleg neikvæð áhrif á villta laxastofna og þau vistkerfi sem þeir treysta á.

• Strokulaxar og erfðablöndun þeirra við villta laxa veikja erfðafræðilegan styrk villtra laxastofna og draga úr aðlögunarhæfni þeirra í náttúrunni.
• Laxalús sem þrífst opnum sjókvíum getur haft alvarleg neikvæð áhrif á villt sjógönguseiði laxa og verulega aukið afföll þeirra.
• Losun úrgangs frá opnum sjókvíum hefur áhrif á nærumhverfi kvíanna og getur raskað vistkerfum fjarðanna.
• Velferð eldislaxa í opnum sjókvíum er afar slæm, en ekki er óalgengt að afföll séu á bilinu 20–25%.
• Rannsóknir hafa jafnframt bent á að ýmis mengunarefni, svo sem PCB og díoxín, geti safnast fyrir í eldislaxi. Að sama skapi losar þessi iðnaður umtalsvert magn af örplasti í hafið.